根据区政府授权，依据《中华人民共和国公司法》、《中华人民共和国企业国有资产法》等法律、法规和规章，对授权监管的国有资本依法履行出资人的职责，维护所有者的合法权益。指导推进区属国有及国有控股参股企业的改革和重组，建立与多种所有制经济、社会主义市场经济相适应的国有资产管理体制。监督区属国有企业的国有资产保值增值的责任。拟定行政事业单位国有资产管理规章制度。按规定管理区本级行政事业单位国有资产，承办区委、区政府和上级部门交办的其他工作。

2004年6月，成立了琼山区国有企业改制领导小组，以加强对这些企业改革工作的领导。2008年2月，因部分领导成员工作变动，又相应进行了调整，领导小组下设办公室，具体负责国有企业改制的日常事务，人员从相关部门抽调，并且从紧张的财政预算中给予一定的资金安排，从机构、人员、财力、物力等方面对企业改革工作予以一定的保障。2006年5月，为加强国有企业的日常监管工作，区人民政府设立国有资产管理委员会，由分管副区长担任主任，财政局长担任副主任，并下设办公室（简称国资办），挂靠区财政局，与区财政局合署办公。

2013年1月，设立海口市琼山区国有资产监督管理局，为区政府直属的正科级事业单位。