云南省药品监督管理局的主要职责：
云南省药品监督管理局贯彻落实党中央、省委关于药品监督管理工作的方针政策和决策部署，在履行职责过程中坚持和加强党对药品监督管理工作的集中统一领导。
（一）负责药品（含中药、民族药，下同）、医疗器械和化妆品安全监管。贯彻实施药品、医疗器械、化妆品监督管理的法律、法规和政策。组织拟订药品、医疗器械、化妆品监督管理的有关地方性法规、政府规章草案和政策、规划，并监督实施。参与基本药物目录的相关工作。
（二）负责制定药品、医疗器械和化妆品监管制度。负责药品、医疗器械、化妆品生产环节的许可、检查和处罚，以及药品批发许可、零售连锁总部许可、互联网销售第三方平台备案及检查、处罚。
（三）负责药品、医疗器械和化妆品质量管理。依职责指导和监督实施药品、医疗器械和化妆品生产、经营、使用质量管理规范。
（四）负责药品、医疗器械、化妆品上市后风险管理。组织开展药品不良反应、医疗器械不良事件和化妆品不良反应监测、评价和处置工作。依法承担药品、医疗器械和化妆品安全应急管理工作。
（五）负责指导执业药师注册、管理以及药品、医疗器械、化妆品专业技术人员继续教育工作。
（六）负责组织指导药品、医疗器械、化妆品监督检查和稽查执法。制定监督检查和稽查执法制度，依职责指导和监督药品、医疗器械和化妆品生产、经营、使用环节监督检查和稽查执法。
（七）负责指导州（市）、县（市、区）市场监督管理部门的药品、医疗器械、化妆品安全监管工作。
（八）完成省委、省政府交办的其他任务。