根据您描述的情形，结合既有规范及实务处理原则，现综合分析如下：
一、违法建筑作为经营场所的法律限制
合法性要件不符
根据行政管理规范，企业注册登记的经营场所需具备合法产权证明或使用权证明。规划部门已认定该建筑存在超建2600平方米的违法情形，属于无法采取改正措施消除影响的违法行为，建筑物整体或违法部分无法取得合法产权证明。
工商登记审查受阻
市场监管部门在办理企业注册登记时，需核验经营场所的合法证明材料（如不动产证、租赁备案证明等）。未完成规划验收或存在违法建设的房产，将无法通过现场核查并完成登记备案。
二、已注册企业的整改路径
若该公司已以该违法建筑作为注册地和经营地，需立即采取以下措施：
主动变更经营场所
步骤：向市场监管部门提交经营场所变更申请，提供新的合法场所证明材料（如租赁合同、产权证明）。
依据：违反《公司登记管理条例》未及时变更登记的，可能面临责令改正、罚款或吊销营业执照的风险。
配合行政机关执行处罚
拆除义务：须依据行政处罚决定书要求，限期拆除超建部分。逾期未履行将面临强制拆除或申请法院强制执行。
法律后果：继续使用违法建筑从事经营活动，可能被认定为“明知违法仍持续实施”，加重行政处罚力度。
法律风险防控建议
清查历史档案：核查企业设立时提交的场所证明是否存在伪造或虚假材料。
协商救济途径：如对处罚决定有异议，可依法申请行政复议或提起行政诉讼。
三、关联法律规范摘要
法律依据 主要内容 适用情形
《城乡规划法》第六十四条 未取得建设工程规划许可证或未按许可内容建设的，责令停止建设并限期改正/拆除 超建部分属于无法改正情形
《公司登记管理条例》第六十九条 提交虚假材料取得登记，可处5万-50万元罚款，情节严重的撤销登记或吊销营业执照 违法场所登记可能构成提交虚假证明
综上，该违法建筑不具备合法经营场所资质，已注册企业需立即整改以避免法律追责。建议同步咨询行政主管部门和律师，制定合规整改方案。
