两者最重要的区别就是纳税税率不同，一般纳税人公司基本税率17%，实行差额征税，销项－进项即为征税金额。而小规模公司税率为3%。一般纳税人公司可以开“增值税专用发票”，也可以开“增值税普通发票”。小规模公司只能开具“增值税普通发票”，全额征收（每月不含税销售额3万，季度9万免征增值税），对方不能抵扣。一般纳税人公司开出的“增值税专用发票”，对方可在180天内认证抵扣。这是两者最最重要的区别。因此你在注册公司时候要注意主要是看你的客户的要求，一般来说大公司的客户都需要一般纳税人资质，一般要你开增值税专用发票。再就是看你的供货商，如果你的供货商能取得进项发票即增值税专用发票，你就可以抵扣进项税额，如果不能取得，就别当一般纳税人了。一般来说大部分客户成立公司的时候都想小规模公司，国家对小规模公司有优惠政策：小规模纳税人月销售额不超过3万，季度销售额不超过9万元免征增值税、城建税、教育费附加、地方教育附加。但只要超出1元，就必须全部计税。而一般纳税人不减免增值税，教育费附加和地方教育附加，只有水利基金的减免。小规模公司如果有需要也可以变成一般纳税人公司，但是一般纳税人公司不能变成小规模公司，因此您在注册公司时要注意这一点。
