磐石市地处长白山西麓。长白山系哈达岭山脉老爷岭横亘境内东西，构成中部、东北部高，南北低，状似屋脊地势，海拔500～1000米，为辉发河水系、饮马河水系的分水岭。在分水岭的南北两侧，河流顺向斜南北分流。沿河两岸经过长期的侵蚀、冲积等外引力作用，发育为常态地貌，成为宽谷地区。取柴河、烟筒山两镇之间的界山鸡爪顶子海拔1049米，是全市最高点；烟筒山镇北部的碱场村鸡冠山屯西1.3公里处海拔230米，是全市的最低点，相对高差为819米。

磐石市下辖4个街道，13个镇，1个乡，1个省级经济开发区：东宁街道，河南街道，福安街道，阜康街道，烟筒山镇，明城镇，石嘴镇，驿马镇，富太镇，呼兰镇，红旗岭镇，朝阳山镇，吉昌镇，取柴河镇，黑石镇，松山镇，牛心镇，宝山乡，经济开发区。