莒县审计局主管全县审计工作，为正科级，县委审计委员会办公室设在县审计局。审计局主要职责： 

（一）主管全县审计工作。

（二）贯彻执行审计法律法规和方针政策。

（三）向县委审计委员会提出年度县级预算执行和其他财政支出情况审计报告。

（四）直接审计法律规定的有关事项，出具审计报告，在法定职权范围内作出审计决定或者向有关主管机关提出处理处罚的。

（五）按照规定对县管领导干部以及依法属于县审计局审计监督对象的其他单位主要负责人实施经济责任审计和自然资源资产离任审计。

（六）组织实施对财经法律法规、规章、政策和宏观调控措施执行情况、财政预算管理以及国有资产管理使用等与县级财政收支有关的特定事项的专项审计调查。

（七）依法检查审计决定执行情况，督促整改审计查出的问题。依法办理被审计单位对审计决定提请行政复议、行政诉讼或者县政府裁决的有关事项。协助配合有关部门查处相关重大案件。

（八）指导和监督内部审计工作，核查社会审计机构对依法属于审计监督对象的单位出具的相关审计报告。

（九）按照有关规定，管理本系统的审计项目计划、人事和财务工作，协助有关部门管理本系统的机构编制等工作。负责本系统教育培训和干部队伍建设。

（十）指导和推广信息技术在审计领域的应用。

（十一）完成县委、县政府和市审计局交办的其他任务。 

莒县审计局设下列内设机构：

办公室、法规科、财政金融审计科、经济责任审计科、农业农村审计科、固定资产投资审计科6个职能科室，下设一个副科事业单位县经济责任审计中心。