内设机构：办公室（党委办公室）、人事政工科（党委组织宣传部）、综合业务科、监管科、查检科、技术科

阿勒泰海关驻塔克什肯办事处

主要职责：承担阿勒泰市、福海县、富蕴县、青河县、农十师北屯市、塔克什肯口岸和红山嘴口岸进出境运输工具、货物、物品及人员的征税、监管、缉私、出入境检验检疫、统计等工作；承担阿勒泰海关干部队伍管理、基层党建、准军事化建设、宣传思想文化等工作。根据总关党委授权，承担吉木乃、阿勒泰海关财务管理、综合保障等工作。完成乌鲁木齐海关交办的其他工作。