机构职能:勐腊海关实行全年无假日通关工作制，负责勐腊县（除关累港）内口岸、通道、特殊监管区的海关监管业务（含旅检、边民互市及检验检疫业务）和勐腊县内的属地海关业务（含检验检疫业务）。

机构设置:内设办公室（党委办公室）、人事政工科（党委组织宣传部）、综合保障科、技术科、稽查科、综合业务科、口岸监管科、行邮科、缉私科，下设磨憨办事处、综合技术中心。辖区内有国家级陆路口岸——磨憨口岸、岔河非口岸驻点通道及曼庄、新闵非口岸预约监管通道。磨憨口岸有国际物流中心、快件监管中心、边民互市货场、大为保税仓库、旅检现场等监管作业场所（场地）。