南充海关是受成都海关直接领导，按授权负责南充市行政区划范围内海关各类管理工作的执行机构。主要负责党的基层组织建设和干部队伍建设；办理具体海关业务，反馈执法作业结果；完成成都海关交办的其他工作。功能化类型为属地型。

机构设置

设科级机构4个：办公室（党委组织宣传部）、综合业务科、监管科、稽查科。