机关职能：新沙海关是受黄埔海关直接领导，按授权负责广州港新沙港区各码头和东莞港麻涌作业区各码头的进出境运输工具、货物和其它物品的监管业务。

机构设置：办公室、人事政工科、综合保障科、监控管理科、综合业务一科、综合业务二科、查验一科、查验二科、查验三科、船舶清关科、物流监控科、验估一科、验估二科、验估三科、跨境贸易便利化科、船舶检查科。