机关职能：东莞海关是受黄埔海关直接领导，按授权负责东莞地区的企业认证、邮件监管、统计分析以及加工贸易备案、结转、核销；辖区进出境货运监管、加工贸易及保税监管、邮件监管、跨境电商监管、快件监管、企业核查及出入境动植物检疫、卫生检疫、商品检验、进出口食品安全等。

机构设置：下辖副处级机构（驻邮局办事处）1个，科室34个，分别为办公室、人事政工科、财务科、法规科、保税监管一科、保税监管二科、保税监管三科、保税监管四科、保税物流监管科、原产地管理科、企业认证科、案件计税科、统计科、核查外勤一科、核查外勤二科、核查外勤三科、监管一科、监管二科、查验科、属地监管科、物流监控科、处置科、综合业务一科、综合业务二科、综合业务三科、企业属地管理科、监控管理科、技术科、后勤管理科、驻邮办综合科、驻邮办电商业务监管科、驻邮办邮件监管科、驻邮办南城监管科、驻邮办监控管理科。