一、内设科室：办公室、人事政工科、综合保障科、综合业务一科、综合业务二科、综合业务三科、综合业务四科、监管一科、监管二科、监管三科、监管四科、监管五科、监管六科、监管七科、监管八科、监管九科、旅检科、法制科、监控分析科、技术科。

二、机构级别：正处级机构

三、主要职责：中山港海关定位为口岸型海关，承担其辖区进出境运输工具、货物、物品的监管；承担其辖区海关管理环节的反恐、维稳、防扩散、出口管制；承担进出口关税、其他税费征收管理及执行反倾销、反补贴措施等其他关税保障措施；承担其辖区出入境卫生检疫、动植物及其产品检验检疫、食品及化妆品检验检疫、进出口商品法定检验及口岸卫生监督处置等工作；承担其辖区进出口货物贸易等海关统计及进出境检验检疫质量分析；承担打击走私综合治理等工作；承担拱北海关交办的其他任务。