中华人民共和国郑州新区海关，机构规格正处级，前身是郑州海关驻经济技术开发区办事处，2018年机构改革后，经中央编办、海关总署批准，正式设立郑州新区海关。下设科级机构8个，分别是：办公室（党委组织宣传部）、综合业务科、备案核销科、物流监控科、监管科、查检科、跨境电商一科和跨境电商二科。

郑州新区海关受郑州海关直接领导，偏属地综合型海关，按授权负责郑州经济技术开发区（不含郑州铁路口岸）范围内海关各类管理工作的执行。主要负责党的基层组织建设和干部队伍建设；办理具体海关业务，反馈执法作业结果；完成郑州海关交办的其他工作。