负责合肥新桥国际机场空港口岸进出境航班(包括航空器)、进出境人员卫生检疫和行李物品监管；实施口岸卫生监督管理；进出口货物监管；征收关税和其他税费；查缉走私；检验检疫；海关统计等工作。包括空港保税物流中心（B型）特殊监管区域。

概况：2006年9月16日，经总署批准，由合肥海关发文设立合肥海关驻骆岗机场办事处（正处级）。2007年12月11日，机场办事处正式对外开展业务，内设综合科，负责合肥骆岗机场进出境客运监管。2007年12月29日起对外正式启用“中华人民共和国合肥海关驻骆岗机场办事处”印章。2008年4月8日，合肥海关驻骆岗机场办事处内增设旅检科。2009年1月1日合肥海关驻骆岗机场办事处开办空运货物监管业务，在全国海关关区代码表中增设合肥机（3311）代码。2013年5月30日，机场办事处搬迁至合肥新桥国际机场，并经总署同意，更名为合肥海关驻新桥机场办事处。2018年4月20日，检验检疫职责和队伍整体转隶合肥海关。2018年12月14日，海关总署批复设立合肥新桥机场海关，为合肥海关下设的正处级隶属单位。

内设科室：办公室、通关科、监管科、旅检一科、旅检二科、旅检三科、B保监管科、卫生监督科。