阿尔山海关主要负责兴安盟6个旗县市和阿尔山口岸进出境运输工具、货物和物品的通关检验监管、卫生检疫、动植物检疫、税费征收、查缉走私、海关统计，以及辖区进出口企业的认证和监督管理工作。

机构设置：内设科室及具体职责如下：

　　 （一）办公室（党委组织宣传部）

　　 承担机关日常运转，承担行政事务、外事管理、督办落实、信息宣传、非执法领域内控、后勤保障、技术保障、内外协调联络、安全保密、财务、信访、政务公开及党委组织宣传等工作。

　　 （二）综合业务科

　　 承担辖区通关单证审核、税收征管、减免税审批、海关统计、企业管理、法制宣传、保税加工和保税监管、受理各项行政审批事项等工作。

　　 （三）查检科

　　 承担辖区内进口目的地检验、出口产地/组货地检验检疫等属地查验工作；承担辖区内企业管理，企业稽查、减免税核查、保税货物中后期核查等工作；承担对进入国内市场商品的抽查、进出口商品安全问题追溯调查等工作。

　　 （四）监管科

　　 承担经阿尔山口岸进出境的货物、运输工具、人员及其行李物品的监管及检验检疫等工作。