额尔古纳海关是隶属于满洲里海关的正处级海关，成立于1991年，当时称黑山头海关，1994年更为现名，2017年12月根据总关关于隶属海关功能化建设，将额尔古纳海关划分为口岸型海关，具体负责黑山头、室韦两口岸的海关监管业务。2018年4月20日原额尔古纳出入境检验检疫局职责和队伍正式划入海关。辖区内有黑山头和室韦两个国家一类口岸。

机构设置：目前内设机构有办公室、综合业务科、监管一科、监管二科4个科室，另有满洲里海关缉私局驻额尔古纳海关缉私科。

办公地点：

额尔古纳市额尔古纳大街112号（北楼办公区）额尔古纳市额尔古纳大街91号（南楼办公区）、黑山头口岸旅检现场、黑山头口岸货检现场、室韦口岸货检现场。

联系方式：

办公室电话：0470—6822080；0470—6822090

工作时间：

机关工作时间（周一至周五）：上午8：30—11：30，下午14：30—17：30；黑山头口岸工作时间（周一至周六）：上午8：00—12：00，下午13：00—17：00；室韦口岸工作时间（周一至周五）：上午8：00—12：00，下午13：00—17：00。