衢州海关是受杭州海关直接领导，按授权负责指定口岸和区域范围内海关各类管理工作的执行机构，主要负责党的基层组织建设和干部队伍建设；办理具体海关业务，反馈执法作业结果；完成杭州海关交办的其他工作。

单位概况：衢州海关于2004年12月经国务院批准设立，2007年2月26日正式开关，业务管辖范围为衢州市。目前共有4个办公点：海关大楼、技术大楼、江山办公点（产权为江山市国资委）、龙游办公点（产权为龙游县国资委）。

机构设置：内设科室10个：办公室（党委组织宣传部）、综合业务科、查检一科、查检二科、查检三科、统计督察科、保税监管科、企业管理科、稽查科、科技科。