牵头起草口岸管理规章制度，组织拟订口岸发展规划、电子口岸规范并协调实施，牵头拟订口岸安全联合防控工作制度，协调口岸通关中各部门的工作关系，指导和协调地方政府口岸工作。

内设机构
口岸一处、口岸二处、口岸三处、口岸四处
司局领导
国家口岸管理办公室主任：黄冠胜
副主任：党晓红 王可