惠州市代建项目管理局内设5个正科级机构：
（一）办公室
综合协调局内党务、行政工作，负责文秘、机关财务、人事、政务公开、劳资、培训、信息化、接待、后勤、信访、档案、工青妇等工作。
（二）计划财务科
负责联系有关行政主管部门及项目使用单位，办理项目相关手续；制定项目实施计划，审查并上报代建单位的项目年度投资计划、年度基建支出预算及资金拨付申请；统计分析工程的进展情况；指导项目概算的执行；配合省有关部门审查并报送项目结算和竣工财务决算；配合省有关部门进行代建项目建设绩效评价。
（三）招标合同科
负责收集、审查代建单位的基本条件，建立代建单位资产、管理能力、信誉等评价体系；负责组织代建单位的招标及相关文件备案工作；负责与代建单位进行谈判，签署合同；审查并跟踪管理代建单位出具的履约保函；对合同的执行进行管理，并处理合同纠纷，工程移交后工程款纠纷等工作。 

（四）项目建设管理科
负责代建项目建设全过程的协调与服务工作；负责跟踪和协调工程项目质量、进度和造价，向有关行政主管部门报告项目的进展情况，对代建过程中出现的违法、违规行为及时报告有关行政主管部门；参与竣工验收，组织产权登记和资产移交工作，组织代建单位办理工程档案等资料的移交工作；负责工程移交后工程质量保修协调等工作。

（五）前期技术科

    负责办理代建项目接收、现场路勘、资料收集和前期工作计划编制等工作。负责办理代建项目相关报建及审批工作。负责代建项目前期技术管理工作。负责代建项目产期合同会签工作。负责代建项目勘察、设计招标工作。负责代建项目报建资料档案管理及移交工作。负责办事代建项目报建审批相关信息录入及前期工作信息公开等工作。负责办事项目报建各项行政事业性费用核拨工作。