主要职责：
（一）贯彻落实国家创新驱动发展战略方针、自治区创新驱动发展决策部署，拟订自治州科技发展、引进国外智力规划和政策并组织实施。
（二）统筹推进自治州创新体系建设和科技体制改革，会同有关部门健全技术创新激励机制。优化科研体系建设，指导科研机构改革发展，推动企业科技创新能力建设，承担推进科技军民融合发展相关工作，推进自治州重大科技决策咨询制度建设。
（三）牵头建立自治州科技管理平台和科研项目资金协调、评估、监管机制。会同有关部门提出优化配置科技资源的政策措施建设，推动多元化科技投入体系建设，协调管理自治州财政科技计划并监督实施。
（四）拟订自治州基础研究规划并组织实施，配合落实自治区重大基础研究和应用基础研究。拟订巴州科技创新基地建设规划并监督实施，参与编制重大科技基础设施建设规划并监督实施，配合推进区域内国家、自治区重点实验室建设，组织自治州重点实验室建设，推动科研条件保障建设和科技资源开放共享。
（五）编制自治州各类科技计划并监督实施，牵头组织重大技术攻关和成果应用示范。协调国际大科学计划和大科学工程在自治州的实施。
（六）组织拟订高新技术发展及产业化、科技促进农业农村和社会发展的规划、政策和措施。组织重点领域的技术发展需求分析，提出重大任务并监督实施。
（七）牵头自治州技术转移体系建设，拟订科技成果转移转化和促进产学研结合的相关政策措施并监督实施。指导科技服务业、技术市场和科技中介组织发展。
（八）统筹区域科技创新体系建设，指导区域创新发展、科技资源合理布局和协同创新能力建设，推动科技园区建设。
（九）负责科技监督评价体系建设和相关科技评估管理，指导科技评价机制发展，统筹科研诚信建设。落实国家、自治区创新调查和科技报告制度，指导自治州科技保密工作。
（十）拟订科技对外交往与创新能力开放合作的规划、政策和措施，组织国际科技合作与科技人才交流活动。指导相关部门和县市对外科技合作与科技人才交流工作。
（十一）负责引进国外智力工作。拟订自治州重点引进外国专家规划、计划并组织实施，指导协调县市、州直部门引进国外智力工作，建立外国专家、团队吸引集聚机制和联系服务机制。拟订出国（境）培训总体规划、政策并监督实施。
（十二）会同有关部门拟订科技人才队伍建设规划和政策，建立健全科技人才评价和激励机制，组织实施科技人才计划，推动高层次科技创新人才队伍建设。拟订科学普及和科学传播规划、政策。
（十三）负责自治区科技技术奖、自治区人民政府天山奖的推荐工作。
（十四）职能转变。围绕贯彻实施科教兴国战略、人才强国战略、创新驱动发展战略，加强、优化、转变政府科技管理和服务职能，完善科技创新制度和组织体系，加强宏观管理和统筹协调，减少微观管理和具体审批事项，加强事中事后监管和科研诚信建设。从研发管理向创新服务转变，深入推进科技计划管理改革，建立自治州科技管理平台，减少科技计划项目重复、分散、封闭、低效和资源配置“碎片化”的现象。政府部门不直接管理具体科研项目，委托项目管理专业机构承担项目受理、评审、立项、过程管理、验收等具体工作。对一般性出国（境）培训项目和其他培训项目不再进行审批审核，由各部门结合本行业本领域实际安排。进一步改进科技人才评价机制，建立健全以创新能力、质量、贡献、绩效为导向的科技人才评价体系和激励政策，统筹全州科技人才队伍建设和引进智力工作。
（十五）承担本部门党的建设、党风廉政建设和反腐败、精神文明、维护稳定、“访惠聚”、综合治理、民族团结、“两个全覆盖”、安生生产、扶贫等工作。
（十六）完成自治州党委、自治州人民政府交办的其他任务。
