(一) 派出代表。引导基金不参与子基金的日常管理，科技部、财政部委托受托管理机构向子基金派出代表，依据法律法规和子基金章程或合伙协议等行使出资人职责，参与重大决策，监督子基金的投资和运作。子基金管理机构做出投资决定后，在实施投资前3个工作日告知受托管理机构的派出代表。这里的重大决策是指审议批准子基金的年度报告，修改子基金章程或合伙协议，聘请或更换子基金管理机构、审计机构、托管银行，决定子基金的合并、分立、清算等事项，批准子基金的利润分配方案或弥补亏损方案，审议决定子基金组织形式、名称和注册地点的变更，审议决定子基金存续期的延长或中止、终止及解散子基金，审议决定子基金股东或合伙人持有的股权或份额的转让事宜以及股东或合伙人变更等事项。
(二) 资金托管。科技部、财政部通过公开招标的方式确定若干家银行作为子基金的托管银行，对子基金资金实行第三方监管。托管银行定期向受托管理机构报告子基金托管资金情况。
(三) 信息报告。受托管理机构通过检查、走访、审计等方式了解子基金运作情况和法律文件变更、违法违规事件、管理机构变动、清算与解散等重大事项，并及时向科技部、财政部报告。
(四) 绩效评价。科技部、财政部委托引导基金理事会对子基金运作情况定期开展绩效评价。
