按题主所说，估计这个公司已成黑户，无论在工商局或税务局应该都是。
成了黑户的公司，它的法定代表人名下有其他企业，也会在办理业务时出现一定的限制，直到黑户企业解除限制为止。
而法人代表本人，目前税务系统、工商系统以及个人征信系统都在计划联网，也将其纳入黑名单中。到时候开设企业、乘坐飞机、贷款、买车买房等都有可能会受限制，目前只是计划中，政策并没有真正下来，身边未见实际受影响的人。（开设企业受限这一点，实际上在工商局是已经执行了的）
现在的当务之急，肯定是立马注销。但这么久的企业，如果自己去没有一点关系，办下来需要多少时间多少钱是很难说的。我公司经手过一个企业，资金规模不大，也是有几个问题，最终花了二十多万，跑了几个月。个人比较建议自己安排一个懂会计工作的人，并找一个业务能力强的代办单位，一起办理注销。自己派的人主要是监督代办单位的。
如果不愿意找代办，那么应该要先登报表示遗失，然后重新补办各种证照，再开始进行税务工商注销工作，起码找个专人准备一个月以上吧。过程中，还需注意账务上往来款还有没有，存货还有没有，税务局在注销时是要查账的，少不得要补税罚款一类。办理之前做好心理准备。
多提一句，根据你的补充，我个人怀疑你所在地的税务局办事是否比较不规范，个人还是推荐找找人，省点事儿。
